התכנית בהידרולוגיה ומשאבי מים עוסקת בתהליכים הקשורים לתנועת המים מעל ומתחת לפני הקרקע. הידרולוגיה של מים עיליים עוסקת במים הזורמים על פני השטח ובנחלים באגני הההיקוות, בשיטפונות ומאפייניהם, ובפיתוח מודלים ממוחשבים המקושרים לתהליכים מטאורולוגיים וגיאומורפולוגיים. תנועת המומסים בקרקע מתארת את זמינות חומרי המזון לצמחים, ובאמצעותה ניתן לקבוע את משטרי ההשקיה והדישון, ולהעריך את סכנות הזיהום וההמלחה של הקרקעות. הידרולוגיה של מי התהום עוסקת בהגדרת המבנה המרחבי של שכבות הסלעים בהם זורמים המים, בהגדרת תכונותיהם ההידראוליות של הסלעים, בהבנת אופי הזרימה במחילות קארסטיות, בניתוח התנהגות מעיינות, ובפיתוח מודלים ממוחשבים לזרימת המים ולהסעת מומסים. בתכנית ילמדו הסטודנטים היבטים תיאורטיים ומעשיים בהידרולוגיה ומשאבי מים ויכירו שימוש בשיטות שדה, במודלים ובשיטות נומריות. התכנית היא בין פקולטאית (טבע, חקלאות וחברה) וכוללת מסלולי מוסמך מחקרי, מוסמך לא מחקרי וכן לימודי דוקטורט.
